DNAStar详细中文使用说明书

Sequence Analysis Software for Macintosh and Windows

GETTING STARTED

Introductory Tour of the LASERGENE System MAY 2001

DNASTAR, Inc. 1228 South Park Street Madison, Wisconsin 53715 (608) 258-7420

Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.

All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.

Sixth Edition, May 2001

Printed in Madison, Wisconsin, USA

Trademark Information

DNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc. Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prismare registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.

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目录

在苹果机（Macintosh）上的安装与升级 05

通过因特网升级 06 软件安装 网络安装 疑难解答 12

在PC机（Windows）上安装与升级

通过因特网升级 软件安装

从 EditSeq 开始 21 从 GeneQuest 开始 31 从 MapDraw 开始 44 从 MegAlign 开始 54 从 PrimerSelect开始 65 从 Protean 开始 78 从 SeqMan II 开始 89

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07 08 17 18

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f o r

Wi n d o w s & M a c i n t o s h

DNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9 e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m

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在苹果机（Macintosh）上的安装与升级 通过因特网升级

必备条件 6 下载升级程序 6

软件安装

必备条件 7 从CD安装Lasergene 7

网络安装

必备条件 8 定义 8

Dongle安装 10

服务器安装 10 终端机安装 11

疑难解答

系统配臵冲突及网络问题 12 解决网络问题的其他工具 13 授权错误报告 14 程序使用及更多的授权信息 15

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通过英特网升级

如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的Lasergene，找到您要升级的程序，并把它转移到备份的文件夹中。连接到DNAstar网站的主页(http://www.dnastar.com)，从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面，找到Macintosh软件（Macintosh Software），就可以下载您想要的模块了。 模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩到已经安装的DNAstar文件夹中替换旧的模块文件。

用Macintosh Finder打开Lasergene浏览器，找到DNAstar文件夹，从FILE MENU选择Update Applications，然后插入安装盘，等待升级完毕。

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软件安装 本节介绍若何从CD在苹果机（Macintosh）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。 必备条件

一张个人的Lasergene安装盘； 一张Lasergene软件光碟；

足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘，双击图标，续则出现安装窗口。 窗口中有两种安装选择：简易安装和一般安装。 简易安装可以运行于68K-family and Power Macintoshes。

而一般安装可以安装工作站文件、执行文件和样品资料，我们推荐使用简易安装，如果使用一般安装可以节省5Mb的空间。 注意安装完毕后，要重新启动计算机。

则出现下面的窗口，点击继

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网络安装 Lasergene网络系统是可以运行于局域网计算机上的软件。他有两部

分组成：一是资料服务器，服务器要有较大的硬盘和较高的运行速度；二是与服务器相连的终端机。后者通过一个称为dongle的

Lasergene硬盘设备相连进行管理。

必备条件

安装磁盘（服务器版）

客户端磁盘，包括安装盘（终端版）和Disk 1（终端版）。

Lasergene软件光盘

DNAstar网络用dongle

盘足够的硬盘空间和内存：服务器至少30Mb的硬盘，8Mb的RAM。终端机至少1Mb的硬盘，32Mb的RAM。

定义

在安装Lasergene网络系统之前要熟悉以下术语：

? 应用程序：指EditSeq, GeneMan, GeneQuest, MapDraw,

MegAlign, PrimerSelect, Protean, and SeqMan II。 ? 应用程序服务器：是指存储应用程序的电脑，通常与dongle服务

器是同一个服务器，但也可以不同，当在局部硬盘上安装网络程序时，也可以在同一个网络系统中同时存在多个不同的应用程序服务器，而且应用程序服务器不一定是苹果机，储存应用程序的机器也

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不一定必须能够运行该程序，仅仅是储存而已。

? 终端机安装（又称工作站安装），安装网络版本Lasergene运行的最

小软件部分，它包括以下在内：LicenseKeeper，Navigator，和系统资源。

? 终端机：这可以是任何不作为Dongle Server的网络上的机器。终端

机是任何最少穿过终端机安装的机器，这样是使得Lasergene应用程序运行需要的最少、最低限度的软件。

? Dongle：Dongle是网络版Lasergene需要的硬件装臵。每个网络系统

都需要单独的Dongle。dongle是末端上带1个短的电缆的小的矩形的装臵。有2不同的种类的dongles：一种是在计算机背后可与调制解调器端口连起来，有9个pin插头；另一种有4个别针阳插头，连接鼠标和键盘。

? Dongle服务器：这是装有Dongle的机器，它肯定是最少穿过终端机

安装的苹果计算机，这机器应该始终保持运行。

? Navigator：是为了更简单的进行Lasergene应用设计的工具。在必

要的情况下，Navigator将自动安装网络组件，而且为网络安装诊断工具。

? LicenseKeeper：和Dongle交流的持有人的系统扩展部分。它告诉

dongle哪个应用被开始，这样，dongle才允许末个机器程序运行。 ? 服务器安装： 指Lasergene软件的完整安装，包括应用程序、

LicenseKeeper、Navigator和系统资源。

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Dongle安装

使Lasergene网络版能够运行的第一个操作就是安装dongle。在你安装之前，请检查你的dongle是否有9-别针连接器（connector)或4-别针连接器（connector)。

? 关闭你打算装dongle服务器那台苹果计算机的电源。

? 如果你的dongle有9-别针连接器（connector)，把它连接到你的计

算机调制解调器的端口上。调制解调器端口是一个有9个外臵接口的设备，位于你的苹果计算机的后面的展示板上，电话听筒图标的附近。

? 如果你的dongle有4-别针连接器，从键盘断开鼠标，把dongle接在

键盘上，接着，把你的鼠标接在dongle上。 ? 重新启动苹果计算机。

? 如果你的dongle被接在苹果计算机上，你必须按照dongle服务器那

样进行软件安装。如果你打算将这机器作为文件服务器，请安服务器安装的方法安装。如果你不打算将这机器作为文件服务器，请安终端机安装的方法安装。在对dongle服务器施行成功的软件安装之后，在启动时应该出现右面的服务器图标。

服务器安装（Server Installation）

? 这个安装和在第5页上所描述的软件安装过程基本相同的。由于大部

分的网络包括机器很多的不同的种类的（68 K，和Power Macintosh机器），所以我们推荐您选择简易安装。

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更多的LicenseKeeper信息

计算机启动时，LicenseKeeper将自动寻找网络的区信息和每个区的dongle服务器。只有标识号与LicenseKeeper系统扩展相符的dongle服务器才能够被识别。这允许1台以上dongle服务器在相同的网络的范围内操作。如果网络管理员改变了有dongle服务器的区名并重新启动dongle服务器，那末区外的所有终端机也必须重新启动。

系统扩展作为Dongle Server成功启动时，在启动期间会出现这个图标。

系统扩展作为终端机成功启动时，在启动期间会出现这个图标。 系统扩展被安装，但是由于较少的内存或失活（启动时按下了鼠标）而不能启动时会出现这个图标。

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WINDOWS上的安装与升级 通过因特网升级

必备条件 18 下载升级程序 18

软件安装

必备条件 19 从CD安装Lasergene

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通过英特网升级

如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系，您就可以通过英特网来升级您现有的版本，各种模块（module）都是以自解压形式存储的，你可以选择性的下载安装。

必备条件

您的用户名和会员号是必需的，可以在安装盘上找到。

程序升级

备份您已有的Lasergene，找到您要升级的执行程序，并把它转移到备份的文件夹中。

连接到DNAstar网站的主页(http://www.dnastar.com)，从菜单中的Customers中点击Lasergene Updates点，安提示输入密码和用户名（与会员名相同），这样就会打开下载页面。

找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下载您想要的模块了。

模块下载完毕以后，双击文件将其解压缩完毕。

看到“Application name” has been updated.说明升级完毕。

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软件安装 本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。注意安装是尽量关闭所有其它程序以保证安装顺利进行。 必备条件

一张个人的Lasergene安装盘； 一张Lasergene软件光碟；

足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则出现下面的窗口，点击继续则出现安装窗口。

随后一次出现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。

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从GeneQuest开始 GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。

如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.

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内容 打开已有分析文件 33 GeneQuest的DNA分析方法 34 用分析方法操作 35 方法参数改变 36 结果展示优化 37 Feature注释 38 BLAST检索 39 Entrez Database检索GeneQuest的其他特点保存分析文件 43

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41 42 打开已有分析文件

在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”进行操作。 ? 从文件菜单，选择Open打开一

个和右边相似的窗口。 ? 在苹果计算机上，从Show菜单

中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，从文件类型菜单(Files of Type)的中选择GeneQuest Documents。

? 用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击

Nematode R01H10，就可以打开下面的窗口。

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GeneQuest的DNA分析方法

打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。 ? Title——给文件取名。 ? Ruler——在文件中加入标尺。 ? Sequence——显示文件中的序列。 ? Patterns-Matrix——方法的运算参数。 ? Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。

? Patterns-Type-In Patterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参

数。

? Repeats-Inverted Repeats——寻找反向重复序列。 ? Repeats-Dyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。 ? Repeats-Direct Repeats——寻找正向重复序列。

? Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定

DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。

? Gene Finding - Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定

DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。

? Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开

的序列，并以图形方式展示。

? Coding Prediction - Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法

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来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。

? Coding Prediction - Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小

长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。

? Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根据

Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。

? Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的

频率、分布，以及AT和gc分布区域。

? Bent DNA - Bending Index——DNA折叠预测。

用分析方法操作

调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assay surface）即可（见右图）。在本节中，我们使用Bent DNA - Bending Index方法进行分析。 ? 从

ANALYSIS

MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过

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本文来源：https://www.bwwdw.com/article/nxf2.html