细菌分类鉴定的经典方法主要是根据细菌

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

细菌分类鉴定规程

细菌分类鉴定规程

杜艳、余翔、罗国升

新菌鉴定主要流程：

1、 潜在新菌的确定

拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。

2、 选择标准菌株构建进化树

选择参考菌株构建三种进化树 (NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。 3、 购买标准菌株

根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。具体信息可以在http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。

标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些

环丝菌属(Brochothrix) 李斯特氏菌属(Listeria) (Paenibacillaceae) (Ammoniphilus) (Aneurinibacillus) (Brevibacillus) (Cohnella) (Oxalophagus) (Paenibacillus) (Thermicanus) (Thermobacillus) (Planococcaceae) (Filibacter) (Kurthia)

(Planococcus) (Planomicrobium) (Sporosarcina)

芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae) (Marinococcus) (Sinococcus)

芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) (Tuberibacillus)

葡萄球菌科(Staphylococcaceae) 孪生菌属(Gemella) (Joetgalicoccus) (Macrococcus) (Salinicoccus)

葡萄球菌属(Staphylococcus) (Thermoactinomycetaceae) (Laceyella)

(Mechercharimyces) (P

16S rDNA鉴定细菌的方法

细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分：

1.提取细菌基因组DNA,

2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。 3.琼脂糖凝胶电泳分离 4.胶回收目的片段 5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。 7.构建系统进化树

试剂：

1.1培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。）。 1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。 1.3 0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA?2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。

1.4 10×TE Buffer(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。1M Tris-HCl（pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）

16S rDNA鉴定细菌的方法

细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分：

1.提取细菌基因组DNA,

2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。 3.琼脂糖凝胶电泳分离 4.胶回收目的片段 5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。 7.构建系统进化树

试剂：

1.1培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。）。 1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。 1.3 0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA?2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。

1.4 10×TE Buffer(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。1M Tris-HCl（pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）

细菌分类表

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中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。 参见：细菌。

目录

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1 酸杆菌门(Acidobacteria)

o 1.

肠杆菌

1.肠杆菌属

产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、聚团肠杆菌、阿斯布肠杆菌、河生肠杆菌生物1群、河生肠杆菌生物2群、中间肠杆菌、格高非肠杆菌、阪崎肠杆菌、泰洛肠杆菌

2.埃希菌属

大肠埃希菌、福格森氏埃希菌、不活跃大肠埃希菌、伤口大肠埃希菌、赫尔曼氏埃希菌

3.沙雷菌属

粘质沙雷菌、深红沙雷菌、无花果沙雷菌、泉居沙雷菌、芳香沙雷菌1群、芳香沙雷菌2群、晋城沙雷菌、液化沙雷菌 4.克雷伯菌属

肺炎克雷伯菌、臭鼻克雷伯菌、鼻硬节克雷伯菌、产酸克雷伯菌、解鸟氨酸克雷伯菌

5.变形杆菌属

奇异变形杆菌属、普通变形杆菌、潘尼变形杆菌

6.普罗威登斯菌属

产碱普罗威登菌、斯图普罗威登菌、雷极普罗威登菌、拉氏普罗威登菌

7.沙门菌属

猪霍乱沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、伤寒沙门菌、雏白利沙门菌

8.枸橼酸杆菌

弗旁地枸橼酸杆菌、异型枸橼酸杆菌、丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌

9.爱文菌属 美洲爱文菌

10.布特维西菌属 水生布特维西菌

11.爱德华菌属

迟缓爱德华菌、保科爱德华菌

12.巴提奥杆菌属

乡间巴提奥杆菌

13.哈夫尼亚菌属

蜂房哈夫菌属

14.西地西菌属

戴氏西地西菌、拉氏西地西菌、奈氏西地西菌

15.摩根菌属

摩根摩根菌

酸杆菌门(Acidobacteria) [编辑] 酸杆菌纲(Acidobacteria) 1. 酸杆菌目(Acidobacteriales)

1. 酸杆菌科(Acidobacteriaceae)

1. 酸杆菌属(Acidobacterium) 2. (Edaphobacter) 3. (Terriglobus)

[编辑] 全噬菌纲(Holophagae) 1. 石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)

1. 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)

1. 石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)

2. 全噬菌目(Holophagales)

1. 全噬菌科(Holophagaceae)

1. 地发菌属(Geothrix) 2. 全噬菌属(Holophaga)

[编辑] 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） [编辑] 放线菌纲(Actinobacteria) 1. 酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)

1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)

1. 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)

1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)

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中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。 参见：细菌。

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1 酸杆菌门(Acidobacteria)

o 1.1 酸杆菌纲(Acidob

菌落

定义：指单个细菌在平板培养基上生长繁殖，形成单一肉眼可见的细菌集团。 菌落特征：大小、形状、边缘、颜色、表面、透明度、湿润度、黏度、溶血性。 2、细菌在液体培养基中的生长现象 混浊

沉淀：多见于链状排列的细菌。 菌膜：多见于厌氧菌。

3、细菌在半固体培养基中的生长现象 有鞭毛细菌：

在培养基中沿穿刺线并向外扩散生长，穿刺线边缘模糊。 无鞭毛细菌：

只沿穿刺线生长，穿刺线边缘清晰。

生化试验鉴定：糖发酵试验、淀粉实验、油脂水解试验、吲哚实验、M.R.及V.P的原理及方法。

1.淀粉水解试验

1.将固体淀粉培养基熔化后冷却至50℃左右，无菌操作制成平板。 2.用记号笔在平板底部划成4部分。

3.将枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌分别在不同的部分点种，在平板的反面分别在4部分写上菌名。

4将平板倒置在37℃温箱中培养48h。

5观察各种细菌的生长情况，打开平板盖子，滴入少量卢氏碘液于平板中，轻轻旋转平板，使碘液均匀铺满整个平板。如菌苔周围出现无色透明圈，说明淀粉已被水解，为阳性。透明圈的大小可初步判断该菌水解淀粉能力的强弱，即产生胞外淀粉酶活力的高低。 2油脂水解试验

1将熔化的固体油脂培养基冷却至50℃左右时，充分摇荡