肿瘤基因突变检测

肿瘤基因突变检测

癌症是一类难以预防的疾病，中晚期癌症治愈的可能性又很小，而早期癌症的治愈率可

达65%以上，有些肿瘤可达90%以上，因此，战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症

早期常无特殊症状，甚至毫无症状，故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检

和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT

等检查，但这些方法的敏感性和特异性均不高，发现有异常时往往已是中晚期。

17种常见高发肿瘤，包括乳腺癌（breast cancer）、结肠癌（colorectalcancer）、子宫癌

（endometrial cancer）、脑胶质瘤（glioma）、白血病（leukemia）、肺癌（lungcancer）、淋巴

癌（lymphoma）、成神经管细胞瘤（medulloblastoma）、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤

(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic

cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell

cancer)和恶性内瘤(sarcoma)导的分子改变，参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过

程中的遗传学变异，对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗

的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台，可同时开展多个肿瘤

基因突变检测项目，如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、

BRCA2等。

K-RAS 基因(K-ras,p21)突变检测

KRAS基因（K-ras,p21）检测是目前医生了解大肠癌患者癌基因状况最直接、最有效的

方法，通过检测不仅可以深入了解癌基因的情况，更重要的是筛选出针对抗表皮生长因子受体靶向药物治疗有效的大肠癌患者，帮助医生选择对肿瘤病人最有效的治疗方法。

RAS基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种——HRAS、KRAS和NRAS，分别定位在

11、12和1号染色体上。在RAS基因中，调控细胞生长的路径；发生异常时，则导致细胞持续生长，并阻止细胞自我毁灭，不能产生正常RAS蛋白，使细胞内信号传导紊乱，细胞增殖失控而癌变。

原癌基因（K-ras）突变发生于多种癌症，例如结肠癌、肺癌、甲状腺癌、胰腺癌、胆

K-RAS 的异常激活有关，参与EGFR信号传导通路。结直肠癌患者中K-RAS 基因的突变率约为35-40%, 而且90%的突变发生在12、13位密码子，可导致p21-ras蛋白的生长信号的异常变化。该基因是TKI治疗的靶分子，携带有K-RAS基因突变的患者对TKI治疗不敏感。过度的生长信号可刺激细胞生长和增殖从而导致了癌症的发生。

K-ras基因突变是深入了解癌基因的情况，

了解各种癌症的发展预后，放化疗疗效的重要指标。⑴ K-ras基因突变发生在肿瘤恶变的早

期，并且原发灶和转移灶的K-ras基因高度保持一致，一般认为，K-ras基因状态不会因治

疗而发生变化。⑵ K-ras基因突变见于20%的非小细胞肺癌(NSCLC)，其中肺腺癌占30%～

50%。 大肠癌患者K-ras突变率为30%～35%。

【检测位点】 突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID

Gly12Asp 12 GGT＞GAT 521

Gly12Val 12 GGT＞GTT 520

Gly12Ser 12 GGT＞AGT 517

Gly12Cys 12 GGT＞TGT 516

Gly12Ala 12 GGT＞GCT 522 Gly12Arg 12 GGT＞CGT 518

Gly13Asp 13 GGC＞GAC 532

BRAF V600E基因突变检测

BRAF是一种癌基因，它编码一种丝/苏氨酸特异性激酶，是RAS/RAF/MEK/ ERK/MAPK通路重

要的转导因子，参与调控细胞内多种生物学事件，如细胞生长、分化和凋亡等。研究表明，在多种人类恶性肿瘤中，如恶性黑色素瘤、结直肠癌、肺癌、甲状腺癌、肝癌及胰腺癌等均存在不同比例的BRAF基因突变，约66%恶性黑色素瘤和15％的结肠癌中BRAF基因存在体细胞错义突变。大约80-90%的BRAF基因突变发生在exon15的1799核苷酸上，T突变为A，导致其编码的谷氨酸由缬氨酸取代(V600E)。目前认为，V600E突变可模拟T599和S602两个位点的磷酸化过程，从而使BRAF蛋白异常激活。BRAF突变状态与多种肿瘤的发生、发展及临床结局有关。随着BRAF突变研究的深入，可望为阐明肿瘤发生的分子机制，寻找新的治疗途径与靶点提供思路。

BRAF基因突变作为乳头状甲状腺癌（PTC）发生的驱动性突变，已经成为PTC 细针穿刺细

胞学标本诊断和病情预后的一个重要指标。BRAF 基因突变率在PTC 中高达44%，具有很好的诊断意义。BRAF 基因突变阳性的甲状腺癌病人较突变阴性病人预后不良。在黑色素瘤的治疗方面，针对BRAF基因突变所研发的新型靶向药物威罗菲尼（Vemurafenib）对BRAF基因V600E 突变的患者疗效显著。在结直肠癌中，BRAF基因突变的患者对EGFR 靶向药物可能存在原发耐药，因此，美国国家癌症综合治疗联盟（NCCN）《结直肠癌临床实践指南》（2013）建议，在使用爱必妥（Cetuximab）或帕尼单抗（Panitumumab）等靶向药物时，对KRAS 基因野生型患者进一步检测BRAF 基因状态。

威罗菲尼（Zelboraf, vemuragenib, PLX 4032）获准用于治疗不可手术且经FDA批准的BRAF

V600E突变检测呈阳性的转移性黑色素瘤患者。在批准该药的同时，FDA还同时批准了用于黑色素瘤患者相应突变检测的BRAF V600E突变检测。临床研究发现，EGFR信号通路中的BRAF基因V600E突变的病人对EGFR单抗原发耐药。因此，推荐肿瘤患者接受EGFR靶向药物治疗前，进行BRAF基因V600E突变的检测。而且，2011年版《NCCN结直肠癌临床实践指南》中明确指出结直肠癌患者应进行BRAF基因V600E突变的检测，如果患者存在V600E突变时，一线治疗进展后使用抗EGFR单抗治疗是无效的。BRAF基因突变检测能提高临床治疗的针对性，指导靶向药物的合理使用，避免无效或治疗不当造成的病人病情延误，降低治疗风险。

有研究证明，在野生型KRAS肿瘤当中，发生BRAF V600E突变的个体，对Panitumumab/帕

尼单抗和Cetuximab/西妥昔单抗完全不反应，而没发生BRAF突变的野生型个体，32%有反应，68%没反应。这提示今后重点检测BRAF的突变可为今后结肠癌临床用药给予指导，BRAF基因突

变的患者接受EGFR-TKI药物治疗的有效率低。而且，BRAF V600E突变可导致部分KRAS基因野

生型患者对EGFR-TKI及EGFR单抗药物治疗不敏感。因此检测肿瘤患者B-RAF基因突变情况可

用于指导 EGFR-TKI的靶向用药。 检测位点：V600E。

B-raf基因突变检测实例

A． BRAF第600

密码子野生型测序图谱

B． BRAF第600

密码子突变型测序图谱

EGFR基因突变检测

肺癌是当今世界各国常见的恶性肿瘤，并已成为绝大多数国家癌症死亡的主要原因。其中以非小细胞肺癌(NSCLC)最常见。目前靶向治疗已经成为NSCLC临床治疗的重要手段。易瑞沙（Iressa/吉非替尼/Gefitinib,阿斯利康）和特罗凯（Tarceva/厄罗替尼/Erlotinib，罗氏制药）作为表皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶抑制剂(TKI)，是美国FDA批准用于NSCLC

靶向治疗的主要药物。易瑞莎和特罗凯是近年来开发的两种特异性较高的治疗NSCLC的肿瘤靶向治疗药物，该类药物通过抑制肿瘤发生、发展中必须的表皮生长因子受体酪氨酸激酶活性，从而达到抑制肿瘤细胞的增生、侵袭、转移、血管生成并促进肿瘤细胞的调亡。但是，临床试验表明易瑞沙和特罗凯仅对10-30%的NSCLC病人有显著疗效。进一步的研究发现病人疗效显著。

437bp，核苷酸2155G＞A突变（G719S）；

411bp，主要突变有：

核苷酸2235-2249Del（E746－A750del）

核苷酸2236-2250Del（E746－A750del）

核苷酸2254-2277Del（S752－I759del）

其它核苷酸片段缺失、插入、重复现象，如L747-T75linsA，L747-P753insS（747位亮

氨酸至第753位苯丙氨酸缺失，插入丝氨酸）和L747-A750del。

399bp，主要突变有：

核苷酸2576T－G（L858R）

核苷酸2497T－G（L833V）

核苷酸2504A－T（H835L）

核苷酸2556位插入碱基G（q852）

采用临床突变检测公认的“金标准”——Sanger测序法进行检测：

1、 个体化指导：选出对患者效果最佳的药物，为医生提供个体化用药的科学依据；

2、 指导EGFR-TKI类药物的合理使用，帮助医生为患者选择最优的治疗方案；

3、 避免不合适药物无效治疗造成的病情延误，降低治疗风险，节省医疗资源。 【检测位点】

突变 外显子 碱基变化 Cosmic ID

6239

6252

6253

6223

6225 G719A 18 2156G>C G719S 18 2155G>A G719C 18 2155G>T E746-A750del(1) 19 E746-A750del(2) 19

L747-P753>S 19

E746-A750>I 19

E746-A750del 19

E746-A750>A 19

E746-S752>A 19

E746-S752>V 19

E746-S752>D 19

L747-A750>P 19

L747-T751>Q 19

L747-E749del 19

L747-T751del 19

L747-S752del 19

L747-A750>P 19

L747-P753>Q 19

L747-T751>S 19

L747-T751del 19 2235-2249del15 2236-2250del15 2240-2257del18 12370 2235-2252>AAT(complex) 13551 2235-2253del18 2237-2251 del15 2237-2254 del18 12728 12678 12367 2237-2250 >T(complex) 12384 2238-2255 del18 6220 2238-2248 >GC(complex) 12422 2238-2252 >GCA(complex) 12419 2239-2247del9 2239-2253del15 2239-2256del18 6218 6254 6255 2239-2248TTAAGAGAAG >C12382 2239-2258>CA(complex) 12387 2240-2251del12 2240-2254del15 6210 12369

L747-T751>P 19 2239-2251 >C(complex) 12383

T790M 20 2369C> T 6240

S768I 20 2303G>T

V769-D770insASV 20 2307-2308 ins GCCAGCGTG

H773-V774insH

D770-N771insG 20 20 2319-2320 ins CAC 2310-2311 ins GGT 6241 12376 12377 12378 6224

6213 L858R 21 2573T>G L861Q 21 2582T>A

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/83ue.html