ROMSTOOLS 中文翻译

ROMSTOOLS 文件

表的内容

介绍 安装

系统要求 获取文件

教程︰南部格拉示例

入门︰处理输入的文件 构建网格

让风和其他表面通量 初始和侧边界条件 得到的径流强迫

编译模型

配置参数︰

param.h

cppdefs.h

数值模拟和物理选项︰ 编译脚本︰

jobcomp

运行模式

长时间的模拟 得到的结果 诊断程序 潮汐

生物地球化学 年度间模拟

表面的强迫数据得到 从

CFSR （推荐）

NCEP2 再分析获取表面强迫数据

每月气候学数据

QuikSCAT

获取侧边界条件 运行年际运行的模型

嵌套

嵌套网格的制备 编译和运行模型

? 海洋预报︰ Forecast_tools ? 参考书目

ROMSTOOLSUser 的指南 -ROMSTOOLS-

吉尔达斯由布莱特 Penven Patrick Marchesiello 和 Laurent 鲁 研究所倒 le D é veloppement （税务局）

44 大道 de 敦刻尔克，CS 90009

13572 马赛楼 cedex 02

法国

介绍

区域海洋建模系统 (ROM) 是新的一代海洋环流模式（Shchepetkin 和威廉姆斯，2005年），已专为区域海洋系统的准确的模拟。读者可参考 Shchepetkin 和威廉姆斯（2003 年）、 Shchepetkin 和威廉姆斯（2005 年）为模型的完整描述。ROM 已经申请区域模拟研究各种不同地区的世界海洋（例如 Marchesiello et al.，2003 年;Penven et al.，2001 年;麦克格雷迪 et al.，2002 年;海德福格尔等人，2000 年;Di Lorenzo et al.，2003 年;Blanke 等人，2002年）。

若要执行区域模拟 ROM，建模者需要提供特定格式的多个数据文件︰水平网格，海底地形表面强迫、侧边界条件......他还需要对模型输出分析。这里描述的工具原本是为了执行这些任务。目标是要能够建立一个标准的区域模型配置在最短的时间。

安装

系统要求

利用 matlab 设计了这个工具箱。它需要至少 2 Gbites 的磁盘空间。它已经过测试的几个 Matlab 版本从 Matlab6 到 Matlab2012。主要测试在 Linux 工作站上，但它可以使用在任何平台上如果 NetCDF 和 LoadDAP Matlab Mex 文件提供。NetCDF Matlab Mex 文件需要读取和写入到 NetCDF 文件，它可以在 web 位置找到︰ http://mexcdf.sourceforge.net/。LoadDAP Matlab Mex 文件用于从年度间和预测模拟的简化服务器下载数据。它可以在 web 位置找到︰ http://www.opendap.org/download/ml-structs.html。Matlab LoadDAP Mex 文件提供任何简化可访问的数据读入 Matlab 方法。请注意，LibDAP 图书馆之前必须先安装您的系统上安装 LoadDAP。详细信息可以在 web 位置找到︰ http://www.opendap.org。MexCDF 和 LoadDAP mex 文件为 Linux 提供 (FEDORA 32 位系统︰ mexcdf 和 Opendap_tools/FEDORA; 系统 CENTOS 或 FEDORA 64bits: mexnc 和 Opendap_tools/FEDORA_X64)，但他们不在所有平台上工作。

在 ROMSTOOLS 包中包含所有其他必要 Matlab 工具箱（即海-气、面具、 netcdf 或 m_map......）。全球数据集，例如地形（史密斯和桑德，1997年），水文（Conkright 等人，2002年）或地表通量（Da Silva et al.，1994年），也被包括在内。

获取文件

All the necessary compressed tar files (XXX.tar.gz) containing the Matlab programs, several datasets and other toolboxes and softwares needed by ROMSTOOLS are located at

http://www.romsagrif.org in the download section.下载所有压缩的 tar 文件。解压缩并解压所有文件 (gunzip 和焦油-xvf)。

定义的不同的目录︰

? Aforc_NCEP ︰用于恢复的表面迫使年度间模拟数据（基于 CFSR 再分析）的脚本。 ? Aforc_QuikSCAT ︰用于风应力回收卫星散射计数据 (QuickSCAT) 的脚本。

? CARS2009: CSIRO 区域海洋地图集数据库。每月、季、年气候的温度、盐度、硝酸盐、磷酸盐和氧气

? COADS05 ︰目录表面通量全球每月气候学在决议（Da Silva et al.，1994年）。 ? 编译︰空暂存目录 ROM 编译。

? Diagnostic_tools ︰几个 Matlab 脚本动画和基本的统计分析。 ? ROMSTOOLS 用户指南文档︰位置。 ? Forecast_tools ︰脚本生成的业务海洋预报系统 ? 掩码︰土地掩模版工具箱开发的 A.Y.谢尔比纳。

? mex60: Matlab NetCDF 接口为 32 和 64 位 Linux 体系结构和旧的 matlab 版本︰ 6 之前。

? mexcdf/mexnc: Matlab NetCDF 接口为 32 和 64 位 Linux 体系结构中，直到 R2008a MatlabR14sp1 (http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/mexcdf-R2008a.r2691.zip)。下一发行版的 Matlab，R2008b，R2009a，它是 mexcf 的更简单，要么使用本机的 NetCDF 会 matlab 或使用最后一次发布版本的相同 url 上后 R2008a。() http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/mexcdf.r2802.zip

? mexcdf/netcdf_toolbox: Matlab NetCDF 工具箱可用相同的 mexcdf 包中。 ? m_map: Matlab 映射工具箱 (http://www2.ocgy.ubc.ca/rich/map.html)。 ? Nesting_tools ︰预处理工具用于编写嵌套的模型。

? netcdf_g77: NetCDF Fortran 库对于 Linux，编译使用 77 国集团 (http://www.unidata.ucar.edu/packages/netcdf/index.html)。

? netcdf_ifc: NetCDF Fortran 库对于 Linux，用 ifort 编译。英特尔 Fortran 编译器 (ifort) 是可在 http://www.intel.com/software/products/compilers/flin/noncom.htm。

? netcdf_x86_64: NetCDF Fortran 库对于 Linux，用 ifort 在 64 位体系结构上编译。 ? Oforc_OGCM ︰用于初始和侧边界条件从全球 OGCMs （汽水（纸箱等人，2005 年）或 ECCO （口吃 et al.，1999年））的年度间模拟恢复脚本。

? Opendap_tools: LoadDAP mexcdf 和几个脚本，自动通过互联网下载数据。

? Preprocessing_tools ︰预处理 Matlab 脚本 (make_grid.m、 make_forcing 等。......)。 ? 河流︰脚本编写时变径流迫使文件并计算径流位置。

? RUNOFF_DAI ︰戴伯斯全球河流流量和欧式放电每月气候学。() http://www.cgd.ucar.edu/cas/catalog/surface/dai-runoff/index.html

? Roms_Agrif: ROM Fortran 来源。

? 运行︰工作目录。这是 ROM 输入的文件生成的位置和运行模型的位置。 ? SeaWifs ︰表面叶绿素 a 气候学 SeaWifs 观察的基础。

? SST_pathfinder: SST 全球每月气候学比 COADS05，计算从 AVHRR 探路者观察从 1985 年到 1997 年的精细分辨率（9.28 公里）。（凯西和科尔尼永，1999年）

? 潮汐︰ Matlab 例程 ROM 潮汐模拟做准备。潮汐数据来自俄勒冈州立大学全球模型的海洋潮汐 TPXO6 和 TPXO7 （埃格伯特和 Erofeeva，2002年）︰ http://www.oce.orst.edu/research/po/research/tide/global.html。

? Topo ︰位置 2 上的全球地形数据集°分辨率（史密斯和桑德，1997年）。原始数据可以发现在︰ http://topex.ucsd.edu/cgi-bin/get_data.cgi

? TPX06 ︰目录全球模型的海洋潮汐 TPXO6 （埃格伯特和 Erofeeva，2002年）。 ? TPX07 ︰目录全球模型的海洋潮汐 TPXO7 （埃格伯特和 Erofeeva，2002年）。 ? Visualization_tools: Matlab 脚本 ROM 可视化图形用户界面。 ? WOA2009 ︰世界海洋地图集 2009年全球数据库。

引用列表︰http://www.nodc.noaa.gov/OC5/WOA09/pubwoa09.html

? WOAPISCES ︰生物地球化学双鱼座数据（年度、季节气候学）全球数据集。引用︰

铁和

DOC: Aumont et Bopp，2006年

寺，O2，NO3，从 WOA2005 PO4 DIC

及碱度来从 Goyet et al。

教程︰南部格拉示例

本节介绍了编写和运行区域的 ROM 仿真的基本步骤。这是完成之后的南部的格拉在低分辨率和使用气候强迫在表面和边界模型的示例。

入门︰处理输入的文件

成功安装后，启动 Matlab 会话目录中︰ ~/Roms_tools/运行。

运行start.m脚本来为此会话设置 Matlab 路径。

在此步骤中此安装，您必须知道关于 matlab 安装和旅游计算机环境的事情︰

? 我机 32 或 64 位体系结构是什么？为此做uname-a. ? 我有的本机 matlab 安装库是什么？

? 如果我有我的 Matlab 版本已经本机 netcdf 例程和图书馆，不必使用 netcdf 库提供的 Roms_tools，所以从 start.m 文件中删除它.

? 如果我将本机 m_map 例程已经跟我的 Matlab 版本了，我不需要使用 netcdf 库提供的 Roms_tools，所以从 start.m 文件中删除它。

? 对于这些问题，它可用于在 matlab 会话中编辑你 matlab 路径与 matlab 命令路径。

在 Roms_tools，提供了 matlab 一些 NetCDF 库︰

? mex60: matlab12 （老），32 和 64 位体系结构

? mexcdf/mexnc: matlab7，matlab2008，matlab2009，32 位和 64 位体系结构 在 Roms_tools，还提供一些\简化\和图书馆︰

? Opendap_tools/FEDORA: LibDAP 和 LoadDAP bin 和图书馆 Fedora Linux 发行版，32 位体系结构

? Opendap_tools/FEDORA_X64 ︰相同的 64 位体系结构。

然而，如果您的 Linux 发行版不同于 Fedora，最好是要编译和安装由您自己的 LibDAP 和 LoadDAP。现在你已经准备好创建新的配置。它是重要的是尊重以下的预处理步骤的顺序︰ make_grid，make_forcing，make_clim。所有的预处理步骤，对于只有一个要编辑的文件︰ ~/Roms_tools/Run/romstools_param.m 。此文件包含必需的参数为 ROM 输入 NetCDF 文件的生成。

Romstools_param.m 的第一节定义用于生成网格的配置参数。例如标题、工作目录或文件名称: %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%1-配置参数

%使用的 make_grid.m （和其他人......） %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%Rom 标题名称和目录 %

ROMS_title = 本格拉模型; ROMS_config = 'Benguela_LR'; %

%网格尺寸︰ %

lonmin = 8;%最低 [度东经]

lonmax = 22;%最大东经 [度] latmin =-38;%最低 latitudeF [度] latmax =-26;%最大纬度 [度] %

%网格分辨率 [度] %

dl = 1/3; %

%的垂直级别数 (！应该是相同的 param.h ！) % N = 32; %

% 垂直网格参数 (！应该是相同的 roms.in ！) %

theta_s = 6。; θ 试卷 = 0。;

hc = 10。;% 拉伸正面厚度流

vtransform = 1。;%s 的坐标类型 (1 ︰老 — —; 2 ︰新坐标) %

在岸边 [m] （取决于分辨率，最低深度 %

%的经验法则︰ dl = 1 两 = 300，dl = 1/4，两 = 150，...) %这影响过滤因为它适用于研究生 (h) / h。 % 两 = 75; %

最大深度在岸边 [m] （以防止代 % 太大墙沿着海岸的 %） %

hmax_coast = 500; %

最大深度 %[m] （切地形以防止 外推 %低于 WOA 数据） %

hmax = 5000; %

（ETOPO 2 或任何其他 netcdf 文件 %地形 netcdf 文件名称 在相同的格式 %） %

TOPODIR = '。/';

topofile = [TOPODIR,'Topo/etopo2.nc']; %

%边坡参数（r=grad(h)/h) 最大值为地形平滑 %

rtarget = 0.25; %

选择性的过滤，以减少孤立的通行证数目 % %对深海的海山。 %

n_filter_deep_topo = 4;

%

末尾的单一宁滤波器的通 %数目

%smooting 程序，以确保在没有 2DX 噪声 %的地形。 %

n_filter_final = 2; %

%Gshss 用户定义的海岸线（见 m_map） %Xxx_f.mat 全分辨率数据 %Xxx_h.mat 高分辨率数据 %Xxx_i.mat 中间分辨率数据 %Xxx_l.mat 低分辨率数据 %Xxx_c.mat 粗分辨率数据 %

coastfileplot = 'coastline_l.mat'; coastfilemask = 'coastline_l_mask.mat'; %

客观分析解相关规模 [m] %

%(如果 Roa = 0 ︰最近的外推法; 粗但便宜得多) %

居港权 %= 300e3; Roa = 0; %

interp_method = 线性;%的插值方法: 线性或立方' %

makeplot = 1;%1 ︰每个预处理步骤之后创建几个图形 %

变量的描述︰

? ROMS_title = 本格拉测试模式︰一般标题。你可以给任何你想要为您的配置的名称。 ? ROMS_config = 'Benguela_LR': 配置的名称。这用于特定配置的 NCEP 或模式数据的存储。

? lonmin = 8 ︰西方极限的经度在网格 [-360°、 360°]。网格是长方形的纬度/经度。 ? lonmax = 22 ︰东部极限 [-360°、 360°]。应该是优于 lonmin。 ? latmin =-38 ︰网格在纬度的南限 [-90°、 90°].

? latmax =-26 ︰北部限制 [-90°，90°]。应该是优于 latmin.

? dl = 1/3 ︰网格经度决议以度为单位。纬度间距理论推导，得到各向同性的网格，使用关系︰ dΦ = dl，因为 (Φ)

? N = 32 ︰垂直的级别数。警告！N 已在该文件中还定义︰ ~/Roms_tools/Run/param.h 之前编译模型。

? theta_s = 6。︰垂直 S 坐标表面拉伸参数.当建筑气候学和初始 ROM 文件，我们必须定义垂直网格。警告！不同垂直网格参数应该是相同的和 ROM 输入文件中此文件 (即 ~ / Roms_tools/Run/roms.in)。这是 bug 的一个严重原因。可以使用 Matlab 脚本测试的 theta_s、 theta_b、 hc 和 N 的影响︰

~/Roms_tools/Preprocessing_tools/test_vgrid.m. ? theta_b = 0。︰拉伸参数垂直的 S 坐标底部。

? vtransform = 1。: S 坐标类型 (1 ︰老 — —; 2 ︰新坐标). 它是关联到#NEW_S_COORD cpp 键ROMS_AGRIF 源代码中。

? hc = 10。︰垂直 S 坐标 Hc 参数。它给大约过渡深度水平表面能级和底部地形跟随水平之间。它应该是次于两。

? 两 = 75 ︰以米为单位的最小深度。模型深度削减这水平，防止，例如，模型网格的发生细胞没有水。这并不影响掩蔽例程。在较低的分辨率，两应该是很大（例如为 dl 150 m = 1/2）。否则，既然基于地形平滑，底部斜坡可以完全侵蚀。

? hmax_coast = 500 ︰面具下的最大深度。它可以防止选定的等深线 (这里 500 m) 去下了面具。如果是这样，这可能（例如）是西边界流问题的来源。 ? hmax = 5000; ? TOPODIR = '。/';

? topofile = [TOPODIR,'Topo/etopo2.nc'];地形的默认文件。我们在这里使用 etopo2 （史密斯和桑德，1997年）。

? rtarget = 0.25 ︰此变量控制的最大值的措施的西格玛层（贝克曼和海德福格尔，1993年）坡-参数︰为了防止横向压力梯度误差，众所周知，在地形跟随坐标模型（哈尼，1991年），切合实际的地形要求一些平滑。实证结果表明那可靠的模型得到的结果，如果不超过 0.2。 ? n_filter_deep_topo = 4 ︰通宁筛选器防止噪音和孤立的海山上深地区发生的数目。 ? n_filter_final = 2 ︰通宁数目筛选平滑过程结束时肯定没有噪音是目前在地形。

? coastfileplot = 'coastline_l.mat': 二进制 GSHSS 沿海文件由 m_map 用于图形脱脂棉。这封信之前\选择海岸线决议。f ︰全分辨率，h ︰高分辨率，i ︰中间决议，l ︰低分辨率 c ︰粗分辨率。

? coastfilemask = 'coastline_l_mask.mat': 用于海岸线掩蔽工具箱中的二进制文件。 ? Roa = 0 ︰解相关长度尺度在客观分析米（300 公里是一个合理的值，就业数据集）。如果 Roa = 0，\最近\的 Matlab 外推方法而不是客观的分析。这是便宜得多，但结果可能会在较低的质量。

? interp_method = '立方︰使用后的客观分析水平的内插方法。它可以是线性或立方。 ? makeplot = 1 ︰选择此选项可生成图像预处理的每一步之后。 第二部分在 romstools_param.m 定义的通用文件和目录的名称︰

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%2-通用文件和目录名称 %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%Romstools 目录 %

ROMSTOOLS_dir = '。/'; % %运行目录 %

RUN_dir = [pwd，'/']; %

%Rom 输入 netcdf 文件目录 %

ROMS_files_dir = [RUN_dir，' ROMS_FILES /'];

%

%全球数据目录 (etopo，coads，数据集下载从 ftp 等。.) %

DATADIR = ROMSTOOLS_dir; %

%强迫数据目录 (ncep，低空，数据集下载与简化等。.) %

FORC_DATA_DIR = [RUN_dir，' 数据 /']; %

eval ([' ！ mkdir '，ROMS_files_dir]) %

%Rom 文件名（网格，迫使，散装，气候学，初始） %

grdname = [ROMS_files_dir,'roms_grd.nc']; frcname = [ROMS_files_dir,'roms_frc.nc']; blkname = [ROMS_files_dir,'roms_blk.nc']; clmname = [ROMS_files_dir,'roms_clm.nc']; bryname = [ROMS_files_dir,'roms_bry.nc']; ininame = [ROMS_files_dir,'roms_ini.nc'];

bioname = [ROMS_files_dir,'roms_frcbio.nc'];双鱼座 %铁粉尘迫使 rivname = [ROMS_files_dir,'roms_runoff.nc']; %

%z 级的中间数据文件（不用于模拟） %

oaname = [ROMS_files_dir,'roms_oa.nc'];气候学数据加工 %

Zbryname = [ROMS_files_dir,'roms_bry_Z.nc'];%的边界数据处理 %

迫使年际模拟 (NCEP/GFS) 根文件名 %泛型 %

frc_prefix = [ROMS_files_dir，'roms_frc'];%强制文件名称 blk_prefix = [ROMS_files_dir，'roms_blk'];%大容量文件名称 %

? ROMSTOOLS_dir = '。/':\目录。

? RUN_dir = [ROMSTOOLS_dir，' 运行 /']: Roms_tools/运行目录。这是在哪里做了所有的工作。

? ROMS_files_dir = [RUN_dir，' ROMS_FILES /']: Roms_tools/运行/ROMS_FILES/目录。这是在哪里 ROM 输入 NetCDF 文件的存储。 ? ROMS_files_dir = [RUN_dir，' ROMS_FILES /']:

? DATADIR = ROMSTOOLS_dir;︰全球数据目录 (ETOPO，COADS，数据集下载从 ftp 等。.)

? FORC_DATA_DIR = [RUN_dir，' 数据 /']: 强迫数据目录 (NCEP，低空，数据集下载与简化等。.)

? grdname=[ROMS_files_dir,'roms_grd.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 网格文件。这是水平网格参数的存储位置。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_grd.nc。

? frcname=[ROMS_files_dir,'roms_frc.nc']:: 的 ROM 名称输入 NetCDF 迫使文件。这是表面的强迫变量（例如风应力）的存储位置。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_frc.nc。 ? blkname=[ROMS_files_dir,'roms_blk.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 大容量文件。这是用于大容量参数（如空气温度）的大气变量的存储位置。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_blk.nc。 ? clmname=[ROMS_files_dir,'roms_clm.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 气候学文件。这是 ROM 的预后变量（u、 v、温度、盐、乌巴、 vbar、 zeta）为侧边界和内部微移的存储位置。该文件可以是大的因为存储变量以供所有 ROM 网格内部点。它被称为\气候学文件\，因为这是在过去的恢复光盘使用的文件解决方案对原位气候（如莱维图斯的例子）。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_clm.nc。

? bryname=[ROMS_files_dir,'roms_bry.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 边界文件。这是气候学文件替代。在这种情况下，变量只存储为横向边界。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_bry.nc。 ? ininame=[ROMS_files_dir,'roms_ini.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 初始文件。这是 ROM 预后变量（u、 v、温度、盐、乌巴、 vbar、 zeta）为初始条件的存储位置。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_ini.nc。

? bioname=[ROMS_files_dir,'roms_frcbio.nc']: ROM 名称输入 NetCDF 铁粉尘迫使双鱼座生物地球化学模型文件。

? rivname = [ROMS_files_dir,'roms_runoff.nc'];ROM 名称输入 NetCDF 决胜选举迫使文件 ? oaname = [ROMS_files_dir,'roms_oa.nc']: 不使用的 ROM 的中间文件的名称。这是相当于气候学文件，但在垂直的 z 协调。首先，变量水平内插来创建一个 roms_oa.nc 文件（OA 文件）。然后，他们垂直插补上气候学文件 ROM 的坐标。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_oa.nc。

? Zbryname=[ROMS_files_dir,'roms_bry_Z.nc']: 边界文件上的 z 坐标的中间文件。一般情况下，我们遵循的风格︰ XXX_bry_Z.nc。

? frc_prefix = [ROMS_files_dir，'roms_frc']: 在 inter_annual 模拟的情况下，迫使文件名称的第一部分。在这种情况下，为每月创建一个单独的文件。例如，迫使文件基于 NCEP 2000 年 1 月为︰ roms_frc_NCEP_Y2000M1.nc

? blk_prefix = [ROMS_files_dir，'roms_blk']: 在 inter_annual 模拟大容量文件名称的第一部分。在这种情况下，为每月创建一个单独的文件。例如，大容量文件基于 NCEP 2000 年 1 月为︰ roms_blk_NCEP_Y2000M1.nc

构建网格

保存 romstools_param.m 和 make_grid 在 Matlab 会话中运行︰

>> make_grid

制造网格:。/Run/ROMS_FILES/roms_grd.nc 标题︰本格拉测试模型 分辨率︰ 1/3 ℃ 创建网格文件... 法学硕士 = 41 嗯 = 42

填充网格文件... 计算指标......

Min dx = 29.1913 公里-马克斯 dx = 33.3244 公里 Min dy = 29.2434 公里-马克斯 dy = 33.1967 公里 填充网格文件... 添加地形...

ROM 的决议︰ 31.3 公里 地形数据分辨率︰ 3.42 公里 地形分辨率减半 4 倍

新的地形决议︰ 54.6 公里

正在处理 coastline_l.mat... 你想要使用 editmask 吗？y，[n] 在深海要删除孤立的海山上应用筛选器︰ 4 通过选择性筛选器。

应用 log(h) 减少 grad (h) /h 的选择性的过滤︰ 13 迭代-rmax = 0.24381

最后一次平滑地形以防止 2DX 噪音︰

2 通过汉宁的更顺畅。 把它写下来...... 做一个阴谋......

你应该在过程中保持法学硕士和 MMm 的值。他们将 ROM 参数文件

/Roms_tools/Run/param.h 的必要条件。在这个测试案例，LLm0 = 23，MMm0 = 31。 在网格生成过程中，这个问题\做你想要使用 editmask？y，[n]\问。

默认回答是 n （为 no)。如果答案是 y （代表 yes)，将推出 editmask，A.Y.Shcherbina，由开发的图形界面来手动编辑掩码（请注意，就目前而言，editmask 不正在与 matlab7 和 mexnc）。

否则该掩码是从未经过滤的地形数据生成的。过程可以防止孤立的地（或海面）存在点。

图 (1.1) 提出了海底地形与南部格拉例如 make_grid.m 获得。请注意，在这种低分辨率 (1/3)，地形已经强烈理顺。

.

图 1.1 ︰结果的本格拉例如 make_grid.m

让风和其他表面通量

下一步是创建包含不同地表通量的文件。您应该编辑文件 romstools_param.m 的部分是︰ %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%3-表面迫使参数

make_forcing.m 和 make_bulk.m 使用的 % %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%Coads 目录（用于气候学运行） %

coads_dir = [DATADIR，' COADS05 /']; %

%Coads 时间（对于气候学运行） %

coads_time=(15:30:345)天 %: 每个月的中间 coads_cycle = 360;一典型 360 年天的 %重复 %

%coads_time=(15.2188:30.4375:350.0313);65.25 年天案 %coads_cycle=365.25%的 QSCAT 实验 %气候热通量。 %

探路者 SST 数据使用的 pathfinder_sst.m % %

pathfinder_sst_name = [DATADIR，...... ]; SST_pathfinder/climato_pathfinder.nc

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 变量的描述︰

? coads_dir = [ROMSTOOLS_dir，' COADS05 /']: 目录在哪里在 1/2 的表面海洋数据全球地图册°位于决议（Da Silva et al.，1994年）。

? coads_time=(15:30:345) ︰在天为每月气候学的时间。它对应于每个月的中间。ROM 使用这一次在时间线性插值的强迫的变量。

? coads_cycle = 360 ︰持续时间的循环强制变量。在这里，为了简单起见，我们的模型上运行重复气候 360 年天。

? pathfinder_sst_name=[ROMSTOOLS_dir,SST_pathfinder/climato_pathfinder.nc']: 目录每月气候学海表面温度从探路者卫星观测（凯西和科尔尼永，1999年）。这可以用有一个 Da Silva 等人（1994 年） SST 的替代。

保存 romstools_param.m 和 make_forcing 在 Matlab 会话中运行︰

>> make_forcing

您应该获得︰

本格拉测试模型 在网格中读......

创建强制文件...

Taux 获取时间指数 1 获取时间指数 1 陶伊河 ...

让几个情节......

此程序可以采取相对较长的时间来处理强迫的所有变量。图 (1.2) 提出了风应力矢量和风应力准则从表面海洋数据全球地图册索取 1/2°在 4 个不同阶段的年决议（Da Silva et al.，1994年）。Da Silva 等人（1994 年）海表温度 (SST) 用于恢复期限 (dQdSST) 在热通量计算。要提高模型的求解就可以使用 SST 气候学在更精细的分辨率（9.28 公里）（凯西和科尔尼永，1999年）。要这样做，你可以在 Matlab 会话中运行 pathfinder_sst.m:

>> pathfinder_sst

您应该获得︰

...月指数︰ 1 ...月指数︰ 2 ...

对于表面的强迫，而不直接订明通量，有可能要使用批量公式在模型运行过程中从大气变量生成地表通量。在这种情况下，光盘需要重新编译与定义的 BULK_FLUX cpp 键。若要生成批量迫使文件，您需要在 Matlab 会话中运行 make_bulk:

>> make_bulk

您应该获得︰

本格拉测试模型

在网格中读......

创建批量迫使文件... 让坐时间指数 1 让坐时间指数 2 ...

让几个情节......

图 1.2 ︰风 stress[N.m2] 获得本格拉例如使用 make_forcing.m.

初始和侧边界条件

最后一个预处理步骤包括在生成包含 ROM 初次和外侧的开放边界条件的必要信息的文件。此脚本将生成两个文件︰气候学文件 (XXX_clm.nc) 给出了外侧的边界条件和初始条件文件 (XXX_ini.nc)。

应该由用户在文件 romstools_param.m 中编辑的部分是。

应该由用户在文件 romstools_param.m 中编辑的部分是︰ %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%4-开放边界和初始条件参数

使用 make_clim.m，make_biol.m，make_bry.m % %make_ogcm.m 和 make_OGCM_frcst.m %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%开放边界交换机 (！应符合 cppdefs.h ！) %

obc = [1 1 1 1];%开放边界 (1 = 开，[S E N W]) %

%的地计算参考水平 %

zref =-1000; %

%初始/边界数据选项 (1 = 进程)

%（用 make_clim、 make_biol、 make_bry， %make_ogcm.m 和 make_OGCM_frcst.m） %

makeini = 1;%的初始数据

makeclim = 1;%气候数据（用于边界和逼近层） makebry = 1;%侧边界数据

makenpzd = 0;%nchlpzd 和 N2ChlPZD2 模型的初始条件和边界数据 makebioebus = 0;BioEBUS 模型 %初始和边界数据 makepisces = 0;双鱼座模型 %初始和边界数据 % %

makeoa = 1;%oa 数据（中间文件）

makeZbry = 1;Z %边界数据协调（中间文件） insitu2pot = 1;对潜在温度 %变换原位温度 %

psource_ts = 0;示踪剂径流浓度 % %

初始化为气候学实验 %天 (= 0: 0 h 1 月 1 日) %

tini = 0; %

%世界海洋地图集目录 (WOA2009) %（盐、生物武器和临时变量）

woa_dir = [DATADIR，' WOA2009 /']; %

êrs2009 气候学目录 (CARS2009) %（盐、生物武器和临时变量）

cars2009_dir = [DATADIR，' CARS2009 /']; %

双鱼座生物地球化学的季节性气候学 % %

woapisces_dir = [DATADIR，' WOAPISCES /']; %

%气候数据 dir （t、 s、生物变量） %

climato_dir = cars2009_dir; %

%表面叶绿素季节性气候学（WOA2001 或 SeaWifs） %

chla_dir = [DATADIR，' SeaWifs /']; %

径流每月季节性气候学（傣族和伯斯） %

global_clim_riverdir = [DATADIR，' RUNOFF_DAI /'];

global_clim_rivername=[global_clim_riverdir,'Dai_Trenberth_runoff_global_clim.nc']; %

%设置时间和周期边界条件为︰ %每月气候学 %

woa_time=(15:30:345)天 %: 每个月的中间 woa_cycle = 360;一典型 360 年天的 %重复 %

%woa_time=(15.2188:30.4375:350.0313);65.25 年天案 %woa_cycle=365.25%的 QSCAT 实验 %气候边界条件

%

变量的描述︰

? obc = [1 1 1 1]: 开关打开 (1 = 开) 或关闭 (0 = 墙) 侧边界 [南东部北部西部]。这用于大规模执法的应用。要知道，这应该是与开放边界文件 /Roms_tools/Run/cppdefs.h 中的 CPP 交换机兼容。

? zref = 1000年︰深度 [米] 地转速度计算没有运动的水平。

? makeini = 1 ︰开关来定义如果生成初始文件 (roms_ini.nc)。应为 1。

? makeclim = 1 ︰开关来定义如果生成的气候（侧边界条件）文件 (roms_clm.nc)。应为 1。 ? makebry = 1 ︰开关来定义如果生成的边界文件 (roms_bry.nc)。仅用 make_bry。 ? makenpzd = 0 ︰切换到 NChlPZD 或 N2ChlPZD2 的生物地球化学模型过程初始条件和边界数据

? makebioebus = 0 ︰切换到 BioEBUS 生物地球化学模型过程初始条件和边界数据 ? makepisces = 0 ︰切换到双鱼座生物地球化学模型过程初始条件和边界数据

? makeoa = 1 ︰开关来定义如果 OA （客观分析; roms_oa.nc）文件生成的。这应该是 1。OA 文件是 ROM 水平网格，而 z 垂直网格水文数据的存储位置的中间文件。S 坐标转化再完成。此文件不使用 ROM。

? makeZbry = 1 ︰开关，如果边界上 z 坐标 (roms_bry_Z.nc) 的中间文件生成定义。仅用 make_bry。

? insitu2pot = 1 ︰如果它提供的原位温度开关定义。在这种情况下，在现场温度转化为潜在的温度。

? tini = 0 ︰初始化在气候学实验中的一天 (15 = 1 月 15 日)。

? woa_dir = [ROMSTOOLS_dir，' WOA2009 /']: 海洋地图集 2009 年世界气候（Conkright 等人，2002年）所在的目录。

? cars2009_dir = [DATADIR，' CARS2009 /']; 汽车 2009年气候 (邓恩 et al，2009年) 位于输出目录。

? woapisces_dir = [DATADIR，' WOAPISCES /']; ? climato_dir = cars2009_dir;

? chla_dir = [ROMSTOOLS_dir，' SeaWifs /']: 表面叶绿素季节性气候学目录。

? woa_time=(15:30:345) ︰在世界海洋地图集每月气候学天时间。它对应于每个月的中间。ROM 使用此变量在时间线性插值的气候变量。

? woa_cycle = 360 ︰持续时间的循环气候变量。在这里，为了简单起见，我们的模型上运行重复气候 360 年天。

? qbar_time = [15:30:365]: 时间在天为傣族和伯斯径流每月气候学。 ? qbar_cycle = 360 ︰持续时间的循环气候变量。

? psource_ts = 0 ︰开关来定义或不示踪剂（t、 s 和 biogechemical）的浓度。它是在 cpp 关键 #PSOURCE_NCFILE_TS 的源代码相关联

保存 romstools_param.m 和 make_clim 在 Matlab 会话中运行︰

>> make_clim

您应该获得︰

制作中:。/Run/ROMS_FILES/roms_clm.nc

标题︰本格拉测试模型

在网格中读...... 创建气候学文件...

创建文件:。/Run/ROMS_FILES/roms_clm.nc ...

让几个情节......

此程序还可以很长的时间来运行。图 (1.3) 提出了 4 温度为本格拉示例的初始状态文件的不同部分。部分是在 X 方向（东-西），第一节是为南部的域部分，最后一个是域的北部地区。

图 1.3 ︰结果的本格拉例如 make_clim.m

使用气候学文件的替代方法是创建一个边界文件。在这种情况下，只有边界值存储。应定义 FRC_BRY 的 cpp 键和重新编译的 ROM。在 Matlab 会话中运行 make_bry:

>> make_bry

您应该获得︰

使该文件:。/Run/ROMS_FILES/roms_bry.nc

标题︰本格拉测试模型

在网格中读...... ...

得到的径流强迫

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%4-开放边界和初始条件参数

使用 make_clim.m，make_biol.m，make_bry.m % %make_ogcm.m 和 make_OGCM_frcst.m %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% ... ... ... ... ... ..

...%集时间和周期为径流条件︰ %每月气候学

qbar_time = [15:30:365]; qbar_cycle = 360; psource_ts = 0; 如果 psource_ts

%定义人工示踪剂（t，s 和最终生物地球化学示踪剂 %浓度

temp_src0 = [11 9 9 12 20 20 24 25 21 18 13 12];

temp_src(:,:) = [temp_src0; temp_src0 + 2; temp_src0 + 2.8]; %

salt_src0 = [2 3 5 1 5 3 2 1 4 2 1 2];

salt_src(:,:) = [salt_src0; salt_src0; salt_src0]; %

no3_src0 = [0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0];

no3_src(:,:) = [no3_src0; no3_src0 + 2; no3_src0 + 2.8]; %

temp_src_time = [15:30:365]; temp_src_cycle = 360; salt_src_time = [15:30:365]; salt_src_cycle = 360; 其他

temp_src_time = [];temp_src_cycle = []; salt_src_time = [];salt_src_cycle = []; 结束 %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

>> make_runoff 您应该获得︰

创建径流迫使从傣族和伯斯的全球每月气候径流数据集 河域中︰ 河的数量 = 2

域包含河 =

-橙色 (Senqu) 在海洋 ATL 中流动 -在海洋 ATL 中流动的多灵 第一个猜测︰ ============

-处理河 #1 ︰橙色 (Senqu)

位置是我和 J = 36 approximetly = 27 lon src 中网格（rho 点） ~16.6667 lat src 中网格（rho 点） ~-28.2677

-处理河 #2 ︰多灵

位置是我和 approximetly J = 21 = 36 lon src 中网格（rho 点） ~19.6667 lat src 中网格（rho 点） ~-32.5713 你想使用河 (是 [1]，No[0])？橙色 (Senqu)

... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

在径流文件写入 ......河职位 ......放电

T 写 shflx_sen [W/m2] 感热通量 T 写 Bostr 底应力。 T 写 Wstress 风应力。 T U Wstress 写工时 U 风应力。 T V Wstress 写工时 V 风应力。 T 写 Shflx [W/m2] 表面净热通量

T 写 Swflx [厘米/天] 地表淡水通量 (E-P) T 写 Shflx_rsw [W/m2] 短波表面辐射 T 写 Visc3d 横向扩散系数。

警告︰无法识别的关键字︰ gls_history_fields--> DISREGARDED。

字段可保存在平均文件: (T/F) T 写 zeta 自由表面。 T 写乌巴 2D U 势头组件。 T 写 VBAR 2D V 势头组件。 T 写 U 3D U-动量分量。 T 写 V 3D V-动量分量。 写 T T (1) 示踪剂的索引为 1。 写 T T (2) 示踪指标为 2。

F 写 RHO 密度异常

T 写欧米茄欧米茄垂直速度。 T 写 W 真实的垂直速度。 F 写 Akv 垂直粘度

T 写 Akt 垂直扩散系数的温度。 F 写 Aks 垂直扩散系数的盐度。 T 写宏宝深度的印尼模型边界层 T 写 Hbbl Depth 的底部行星边界层

T 写 shflx_rlw [W/m2] 长波热通量。 T 写 shflx_lat [W/m2] Latente 热通量。 T 写 shflx_sen [W/m2] 感热通量。 T 写 Bostr 底应力。 T 写 Wstr 风应力。

T U Wstress 写工时 U 风应力。 T V Wstress 写工时 V 风应力。 T 写 Shflx [W/m2] 表面净热通量。

T 写 Swflx [厘米/天] 地表淡水通量 (E-P) T 写 Shflx_rsw [W/m2] 短波表面辐射。 T 写 diff3d 横向扩散系数

警告︰无法识别的关键字︰ gls_averages--> DISREGARDED。

1025.0000 rho0 Boussinesq 近似平均密度，kg/m3。

0.000E + 00 visc2 水平拉普拉斯混合系数 [m2/s] 势头。

警告︰无法识别的关键字︰ lateral_visc--> DISREGARDED。

0.000E + 00 tnu2 （1）水平拉普拉斯混合系数 (m2/s) 示踪剂 1。

0.000E + 00 tnu2 （2）水平拉普拉斯混合系数 (m2/s) 示踪剂 2。

0.000E + 00 tnu4 （1）水平双调和混合系数 [m4/s] 示踪剂 1。

0.000E + 00 tnu4 （2) 水平双调和混合系数 [m4/s] 示踪剂 2。

警告︰无法识别的关键字︰ vertical_mixing--> DISREGARDED。

3.000E-04 rdrg 线性底部阻力系数 (m/si)。 0.000E + 00 rdrg2 二次底部阻力系数。 0.000E + 00 Zob 底部粗糙度为对数律 (m)。 1.000E-04 Cdb_min 最低底部阻力系数。 1.000E-01 Cdb_max 最大底部阻力系数。

1.00 gamma2 滑溜参数︰免费滑 + 1 或无滑移-1。

SPONGE_GRID 定义︰海绵层参数

一般是在 set_nudgcof 中设置的。F 例程

1.157E-05 tauT_in Nudging 系数 [sec ^-1] 3.215E-08 tauT_out Nudging 系数 [sec ^-1] 3.858E-06 tauM_in Nudging 系数 [sec ^-1] 3.215E-08 tauM_out Nudging 系数 [sec ^-1]

激活 C 预处理选项︰ 区域

BENGUELA_LR OBC_EAST OBC_WEST OBC_NORTH OBC_SOUTH CURVGRID 球形 掩蔽

NEW_S_COORD SOLVE3D UV_COR UV_ADV TS_HADV_RSUP3 TS_HADV_C4 TS_DIF4

海绵

SPONGE_GRID LMD_MIXING LMD_SKPP LMD_SKPP2005 LMD_BKPP LMD_RIMIX LMD_CONVEC LMD_NONLOCAL 盐度 NONLIN_EOS SPLIT_EOS BULK_FLUX BULK_FAIRALL BULK_LW BULK_EP BULK_SMFLUX FRC_BRY Z_FRC_BRY M2_FRC_BRY M3_FRC_BRY T_FRC_BRY ANA_BSFLUX ANA_BTFLUX OBC_M2CHARACT

OBC_M3ORLANSKI OBC_TORLANSKI 平均值 AVERAGES_K TS_MIX_GEO VAR_RHO_2D M2FILTER_POWER UV_VADV_SPLINES TS_MIX_IMP DIF_COEF_3D NTRA_T3DMIX TS_VADV_AKIMA SPONGE_DIF2 SPONGE_VIS2 BULK_SM_UPDATE LIMIT_BSTRESS DBLEPREC Linux 四 QuadZero GLOBAL_2D_ARRAY GLOBAL_1D_ARRAYXI GLOBAL_1D_ARRAYETA START_2D_ARRAY START_1D_ARRAYXI

START_1D_ARRAYETA PRIVATE_1D_SCRATCH_ARRAY PRIVATE_2D_SCRATCH_ARRAY PRIVATE_1DXI_SCRATCH_ARRAY PRIVATE_1DETA_SCRATCH_ARRAY WESTERN_EDGE EASTERN_EDGE SOUTHERN_EDGE NORTHERN_EDGE MYID

MPI_master_only ZEROTH_TILE SINGLE_TILE_MODE LF_AM_STEP FIRST_TIME_STEP FIRST_2D_STEP NOT_LAST_2D_STEP PUT_GRID_INTO_RESTART PUT_GRID_INTO_HISTORY PUT_GRID_INTO_AVERAGES NF_FTYPE

nf_get_att_FTYPE nf_put_att_FTYPE nf_get_var1_FTYPE nf_put_var1_FTYPE

nf_get_vara_FTYPE nf_put_vara_FTYPE nf_put_var_FTYPE NF_FOUT fast_indx_out

数量的线程︰ 1 阻止︰ 1 x 1。

检测到的球面网格。

两 hmax grdmin grdmax Cu_min Cu_max

10.000000 5000.000000.292173342E + 05.332604524E + 05 0.04798441 0.64319922 体积 = 4.201213988031145500000E + 15 open_cross = 1.419920165738393211365E + 10

lonmin = 8.0000 lonmax = 22.0000latmin =-38.0000 latmax = 25.8968

垂直的 S 坐标系︰

级 S coord Cs-曲线 at_hmin over_slope at_hmax

32 0.0000000 0.0000000 0.000 0.000 0.000 31-0.0312500-0.0000878-0.293-4.629-4.977 30-0.0625000-0.0003544-0.586-9.680-10.822

29-0.0937500-0.0008092-0.879-15.175-17.581 28-0.1250000-0.0014682-1.173-21.151-25.331 27-0.1562500-0.0023546-1.466-27.664-34.185 26-0.1875000-0.0034997-1.760-34.787-44.294 25-0.2187500-0.0049438-2.054-42.615-55.856 24-0.2500000-0.0067379-2.348-51.269-69.116 23-0.2812500-0.0089453-2.642-60.897-84.383 22-0.3125000-0.0116438-2.937-71.683-102.033 21-0.3437500-0.0149284-3.232-83.852-122.529 20-0.3750000-0.0189152-3.527-97.677-146.433 19-0.4062500-0.0237445-3.823-113.489-174.427 18-0.4375000-0.0295867-4.120-131.690-207.338 17-0.4687500-0.0366477-4.417-152.766-246.166 16-0.5000000-0.0451767-4.716-177.303-292.120 15-0.5312500-0.0554741-5.015-206.012-346.658 14-0.5625000-0.0679033-5.316-239.748-411.545 13-0.5937500-0.0829023-5.618-279.546-488.907 12-0.6250000-0.1010001-5.923-326.651-581.311 11-0.6562500-0.1228348-6.229-382.570-691.856 10-0.6875000-0.1491762-6.539-449.118-824.277 9-0.7187500-0.1809531-6.851-528.486-983.085 8-0.7500000-0.2192860-7.168-623.316-1173.718 7-0.7812500-0.2655264-7.490-736.796-1402.737 6-0.8125000-0.3213048-7.818-872.771-1678.057 5-0.8437500-0.3885879-8.153-1035.879-2009.225

4-0.8750000-0.4697479-8.497-1231.717-2407.757 3-0.9062500-0.5676467-8.851-1467.032-2887.545 2-0.9375000-0.6857360-9.218-1749.967-3465.345 1-0.9687500-0.8281796-9.600-2090.341-4161.370 0-1.0000000-1.0000000-10.000-2500.000-5000.000

时间分裂︰ ndtfast = 60 nfast = 82

最大的网格刚度比例︰ rx0 = 0.2416875293 rx1 = 6.6361334581

GET_INITIAL — — 数据处理时间 = 0.000 记录 = 1 GET_BRY — — 读所有的边界数据 = 345.0 GET_BRY — — 读所有的边界数据 = 15.00

GET_BULK — — 读取字段为大部分时间公式为 = 345.0 GET_BULK — — 读时间批量公式字段 = 15.00

DEF_HIS/AVG-创建新 netCDF 文件 'ROMS_FILES/roms_his.nc'。 WRT_GRID — — 网格数据写到文件 'ROMS_FILES/roms_his.nc'。 WRT_HIS — — 写进时间记录历史字段 = 1 / 1

主营︰开始时间步进。

单步时间 [天] KINETIC_ENRG POTEN_ENRG TOTAL_ENRG NET_VOLUME trd

0 0.00000 0.000000000E + 00 4.9898475E + 01 4.9898475E + 01 4.2012140E + 15 0

1 0.04167 4.767498268E-05 4.9899041E + 01 4.9899088E + 01 4.2011342E + 15 0

2 0.08333 1.071058885E-04 4.9899251E + 01 4.9899359E + 01 4.2010607E + 15 0

3 0.12500 1.985077371E-04 4.9899779E + 01 4.9899978E + 01 4.2010509E + 15 0

4 0.16667 3.163545086E-04 4.9900321E + 01 4.9900638E + 01 4.2010600E + 15 0

5 0.20833 4.379761019E-04 4.9901032E + 01 4.9901470E + 01 4.2010823E + 15 0

6 0.25000 5.677909136E-04 4.9901841E + 01 4.9902409E + 01 4.2010898E + 15 0

7 0.29167 6.835404559E-04 4.9902494E + 01 4.9903177E + 01 4.2010729E + 15 0 ... ... ...

长时间的模拟

在许多研究中，有必要对长模拟︰达成解决方案的自旋向上和/或获取统计均衡。对于区域模型，10 年似乎是一个合理的模型仿真长度。在这种情况下，要防止大的输出文件的生成，策略是重新启动模型模拟月月。这通过 UNIX csh 脚本︰ run_roms.csh 。警告！对长模拟 ROM 输入的文件使用是 roms_inter.in。因此应进行编辑。

? 它获取网格、强制、初始和边界文件。 ? 模型运行 1 个月。

? 它将输出文件存储在一种具体形式︰ roms_avg_Y4M3.nc （为 4 年的 3 月的 ROM 平均输出）。

? 它取代由重新启动文件 (roms_rst.nc) 的初始文件，如已在本月底之前生成。 ? 它下个月重新启动模型。 在 run_roms.csh 中进行编辑的部分︰

设置模型 = rom

设置 SCRATCHDIR = '密码' / 划伤 设置 INPUTDIR = '密码'

设置 MSSDIR = '密码' / ROMS_FILES

设置 MSSOUT = '密码' / ROMS_FILES 设置 CODFILE = rom

设置 AGRIF_FILE=AGRIF_FixedGrids.in # # 模型时间 [秒] 步 # 设置的 DT = 5400 # # 每月工作日数 # 设置 NDAYS = 30 # # 的网格数共有各级 # 套评判 = 1

# # 时间计划表-TIME_SCHED = 0-逐年文件 # TIME_SCHED = 1-每月文件 # 设置 TIME_SCHED = 1 # 设置 NY_START = 1 设置 NY_END = 10 设置 NM_START = 1 设置 NM_END = 12

变量定义︰

? 模型 = rom ︰用于输入文件的名称。例如 roms_grd.nc。 ? SCRATCHDIR = pwd / 划伤︰从头开始目录运行中的模型 ? INPUTDIR = pwd ︰输入 roms_inter.in 输入的文件所在的目录。

? MSSDIR = pwd / ROMS_FILES ︰目录在 rom 输入 NetCDF 文件（roms_grd.nc，roms_frc.nc，...）存储。

? MSSOUT = pwd / ROMS_FILES ︰目录在 rom 输出 NetCDF 文件（roms_his.nc，roms_avg.nc，...）存储。

? CODFILE = rom: ROM 可执行文件。

? AGRIF_FILE=AGRIF_FixedGrids.in: AGRIF 输入的文件中定义位置的子网格，使用嵌入时。 ? DT = 5400 ︰模型时间步长，以秒为单位。 ? NDAYS = 30: 1 个月中的天数。

? 评判 = 1 ︰模型网格总数 (没有 AGRIF ︰评判 = 1)。 ? NY_START = 1 ︰开始的一年。 ? NY_END = 10 ︰结束一年。 ? NM_START = 1 ︰月启动一次。 ? NM_END = 12 ︰结局月。

要在 Linux 工作站上以批处理模式运行 ROM 长模拟︰

> nohup./run_roms.csh > exp1.out &

要检查您的模型执行，键入目录-Roms_Tools-运行︰ 更多 exp1.out

得到的结果

一旦该模型已运行，或在模拟，它是可能想象对模型输出使用 Matlab 图形用户界面︰ roms_gui。在 Matlab 会话（在 ~/Roms_tools/Run/ 目录中）推出 roms_gui:

>> roms_gui

弹出一个窗口，要求一个 ROM 历史 NetCDF 文件 (图 1.4)。你应该选择 roms_his.nc （历史文件）或 roms_avg.nc （平均文件）并单击\打开\。

图 1.4 ︰入口窗体的 roms_gui

图 1.5: roms_gui

主窗口出现，可以选定变量以获取图像如图 ( 1.5)。在左侧，上面的框中给出了可用的 ROM 变量名和下面的框中提出了从 ROM 模型输出的变量︰

? 柯︰水平切片的动能:。

? Rho ︰利用非-线性状态方程为海水的密度横向切片 Jackett 和麦克杜格尔（1995 年） . ? Pot_Rho ︰水平切片的潜在的密度。 ? Bvf ︰水平切片的冲击-V?是?la 频率︰ ? Vort ︰水平切片的涡度:。

? Pot_vort ︰水平切片的下的位涡的垂直分量:。在本例中， λ=ρ.

? 防扩散安全倡议︰水平切片的流函数:。这个例程可能是昂贵的因为它逆拉普拉斯算子的涡度（使用连续在规划求解放松）。 ? 速度︰水平切片的海洋洋流速度:。 ? 运输︰水平切片的交通流函数:。

? 大久保︰水平切片的大久保 Weiss 参数:。

? 牛心朴子叶绿素︰叶绿素 a 从大和小的浮游植物浓度计算。 ? z_SST_1C ︰深度为 1°C 以下 SST。 ? z_rho_1.25 ︰深度 1.25 kg.m3低于表面密度。 ? z_max_bvf ︰深度最大的冲击-V?是?la 频率。 ? z_max_dtdz ︰深度，最大的垂直温度梯度。

? z_20C ︰深度 20°C 等温线。 ? z_15C ︰深度 15°C 等温线。 ? z_sig27: 1027 kg.m3密度层深度。 ? r_factor:

它是可以通过增加\当前向量空间的一步\添加箭头为横向电流。它也是可能获得垂直剖面、时间序列、垂直廓线和 Hovm④ller 图通过点击相应的目标在 roms_gui.

诊断程序

分析长模拟，在目录中添加了几个脚本︰ ~/Roms_tools/Diagnostic_tools:

? roms_diags.m ︰得到体积和表面平均数量从 ROM 仿真。 ? plot_diags.m ︰绘制由 roms_diags.m 计算的平均的量。 ? get_Mmean.m ︰得到每月平均气候学。

? get_Smean.m ︰季节性和每年的平均气候学得到 get_Mmean.m 的输出。

? get_Meddy.m ︰得到每月方差气候学 (如果变量 nonseannal = 1，计算非季节性的方差; 即，季节的变化都将被筛选)。它需要之前运行 get_Mmean.m 和 get_Smean.m。 ? get_Seddy.m ︰从 get_Meddy.m 的结果得到的季节性和每年的 RMS。 ? roms_anim.m ︰从每月的历史或平均文件创建动画。

在 Matlab 会话中运行这些脚本。得的平均数或涡流文件可以与 roms_gui 可视化。

如果您需要创建和播放\的动画，您应该在您的系统上安装 ppm2fli 和 xanim。如果你有一台 Linux 电脑，您可以执行以下步骤︰

? 以 root 身份登录 ? 转到保存该文件的目录。

? 型︰ rpm-Uvh ppm2fli-2.1-1.i386.rpm ? 型︰ rpm-Uvh xanim-2.80.1-12.i386.rpm ?? 注销

如果使用的不一台 Linux 电脑，你应该问你的系统管理员联系，以安装这些程序。

潮汐

使用描述由弗拉瑟（1976 年）的方法，ROM 是能够传播的不同的潮汐成分，从其外侧的边界。要这样做，cpp 键潮汐、 SSH_TIDES 和 UV_TIDES 的定义并重新编译使用 jobcomp 的模型。要正常工作，该模型应使用弗拉瑟 (1976) 开放边界辐射方案（OBC_M2FLATHER 定义的 cpp 键）。

通过 Matlab 程序 make_tides.m，可将潮汐的组件添加到迫使文件 (XXX_frc.nc)。编辑文件: ~ / Roms_tools/Run/romstools_param.m。您应该更改该文件的部分是︰

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%5-潮汐迫使参数 %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

%Tpxo 文件名称 (TPXO7) %

tidename=[ROMSTOOLS_dir,'TPXO7/TPXO7.nc']; %

%的潮汐组件处理数 %

Ntides = 10; %

从 TPXO 文件中等级 %选择顺序︰

%\ %\ %

tidalrank = [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10]; %

Tidegauge 观察 %相比 %

lon0 = 18.37;

lat0 =-; 33.91开普敦位置 %

Z0 = 1;在开普敦 tidegauge %平均深度

变量定义︰

? tidename=[ROMSTOOLS_dir,'TPXO7/TPXO7.nc']: netcdf 潮汐数据集的位置。此文件被从俄勒冈州立大学全球模型的海洋潮汐 TPXO.7 （埃格伯特和 Erofeeva，2002年）。数据源可以发现在

http://www.oce.orst.edu/po/research/tide/global.html。它也是可以使用 TPXO7。

? Ntides = 10 ︰潮汐的组件来处理的数目。警告！此值应与 param.h 中的参数 Ntides 的值相同:\参数 (Ntides = 10)\。

? tidalrank = [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10]: 为了选择的不同的潮汐组件。 ? lon0 = 18.37; lat0 =-33.91;Z0 = 1 ︰位置的潮位插值与观测值进行比较。 一个重要方面是时间的定义，尤其是选择一个时间起源。这是在 /Roms_tools/Run/romstools_param.m 中定义︰

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%6 时间参数（用于 make_tides、 make_CFSR、 make_NCEP、 make_OGCM） %

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %

Yorig = 1900;%的参考时间为向量时间的 & n b s p; %rom 初始，迫使文件 %

Ymin = 2000;第一次强迫年 % Ymax = 2000;强迫去年 % 大小 = 1;第一次强迫月 % 下沉 = 3;强迫上月 % %

Dmin = 1;初始化 %天 两 = 0;%小时的初始化

Min_min = 0;初始化 %一分钟

了生物降解过程 = 0;%的初始化第二 %

SPIN_Long = 0;年 %自旋向上持续时间

起源时间 (Yorig: Yorig 1 年月 1 日) 应保持相同的预处理和后处理的步骤。保存 romstools_param.m 和 make_tides 在 Matlab 会话中运行︰

>> make_tides

您应该获得︰

节点修正的开始日期︰ 2000 年 1 月 1 日 读 ROM 网格参数...

潮的成分︰ M2 S2 N2 K2 K1 O1 P1 Q1 Mf 毫米 处理潮︰ 1 10 ...

生物地球化学

有关可用在 ROMS_AGRIF 的生物地球化学模式的 cpp 关键字如下︰

? BIO_NChlPZD : 5 组件（硝酸、叶绿素、浮游植物、浮游动物、碎屑）生物地球化学模型。 ? BIO_N2ChlPZD2 : 7 组件（硝酸、铵、叶绿素、浮游植物、浮游动物、小碎石、大型碎屑）生物地球化学模型。

? BIO_BioEBUS : 12 组件（硝酸盐、亚硝酸盐、铵、 2 浮游植物、 2 浮游动物、 2 碎屑、唐、氧和氮 Oxyde）生物地球化学模型。

? 双鱼座: 24 成分生物地球化学模型。后者是一个更复杂的生物地球化学模型，首先耦合到 OPA 和现在可以与 ROMS_AGRIF 耦合模型的 beta 版本。它所述 (Aumont，2005年) 提供了在 ROMS_TOOLS 的文档部分。

ROMSTOOLS 可以用于过程的初始条件和侧边界条件 bigeochemical 示踪剂。它将在 roms_ini.nc 和 roms_clm.nc 中添加初始状态和生物地球化学变量的模型选择横向条件 / roms_bry.nc 文件已经创建并包含速度、温度和盐 变量。

BIO_NChlPZD、 BIO_N2ChlPZD2 和 BIO_BioEBUS，世界海洋地图集或 CARS2009 为浓度硝酸盐、磷酸盐、硅酸盐和氧气提供每月、季、年的气候。然后可以使用 WOA 或 SeaWifs 以获得表面叶绿素浓度的气候学。浮游植物是由来自过去的仿真浮游植物叶绿素/恒定比率估计的。浮游动物被估计以类似的方式。

对于双鱼座，我们使用来自 WOA 和全球模拟称为 WOAPISCES 的另一个全球气候学。它提供了全球数据的铁 (Fe)、硅酸盐 (SiO3)、氧 (O2)、磷酸 (PO4)、 DIC （溶解有机碳）、 DOC （溶解无机碳）和 Alkanility。

应中 romstools_param.m 的生物地球化学的初始和侧边界处理由用户编辑的部分是 romstools_param.m 上述第 4 条。

? makeini = 1 来处理初始数据

? make_clm = 1 4 D (\变量作为侧边界数据处理 ? make_bry = 1 侧边界作为 3D （\仙\）变量的数据处理 然后

? 对于NChlPZD和N2ChlPZD2的模型，选择makenpzd = 1 ? BioEBUS模型，选择makebioebus = 1 ? 对于双鱼座模型，选择makepisces = 1 然后在 matlab，键入 >> make_biol

事实上，make_biol 包含一系列的 matlab scriptsassociated 到上文所述的各类案件。它可以轻松地被读取。

? make_clim_npzd ? make_clim_pisces ? make_clim_bioebus ? make_bry_npzd ? make_bry_pisces ? make_bry_bioebus ? make_ini_npzd ? make_ini_pisces ? make_dust ? make_ini_bioebus

? make_n2o_bioebus 您应该获得

Add_no3 ︰创建变量和 OA 文件属性 Add_no3 ︰创建变量和气候学文件属性

Ext 示踪剂︰ Roa = 0 公里-默认值 = 南 Ext 示踪剂︰水平插值的年度数据 Ext 示踪剂︰水平插值的季节性数据 时间指标︰ 1 总数︰ 4 时间指标︰共 2: 4 时间指标︰ 3 总数︰ 4 时间指标︰共 4: 4

垂直插值

NO3......

时间指标︰ 1 总数︰ 4 时间指标︰共 2: 4 时间指标︰ 3 总数︰ 4 时间指标︰共 4: 4

牛心朴子叶绿素...

Add_chla ︰创建变量和属性 ...

让几个情节......

无花果 1.7 ︰ make_clim_pisces 本格拉例如结果︰ NO3 [mMol P m-3] 和 PO4 迫使字段 [mMol P m-3]。

最后，计算铁粉尘沉积强迫的文件 roms_frcbio.nc 文件，在 matlab 会话，

运行 make_dust.m: >>make_dust

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/inhw.html